Saipan tại quần đảo Mariana là đảo quan trọng nhất về chính trị và kinh tế với Ủy thác Nam Dương, và sau đó trở thành một trung tâm địnhncư của người Nhật. Đảo quan trọng khác là Truk ở quần đảo Carolines, được củng cố thành một căn cứ hải quân chính của Hải quân Đế quốc Nhật Bản.

Chính quyền của Uỷ thác Nam Dương do Hải quân Đế quốc Nhật Bản quản lý, theo đó, khu vực được chia thành 6 vùng hành chính và báo cáo với trụ sở hải quân ở Truk. Sau đó vào tháng 4 năm 1922, chính quyền dân sự được thành lập dưới hình thức một ban hành chính dân sự song vẫn phải báo cáo với các chỉ huy hải quân của mỗi một trong 6 khu hành chính: Saipan, Palau, Yap, Truk, Ponape và đảo san hô Jaluit.

Sau đó, trụ sở của Uỷ thác Nam Dương được chuyển từ Truk đến Koror, Palau, và trưởng quan của Uỷ thác sẽ thông báo các vấn đề trực tiếp với Thủ tướng Nhật Bản. Tuy nhiên, sau khi thành lập Thác vụ tỉnh, tức bộ thuộc địa, thì trưởng quan của Uỷ thác được lệnh phải báo cáo với bộ trưởng Thác vụ tỉnh vào tháng 6 năm 1929.

Khi Thác vụ tỉnh bị hợp nhất vào Đại Đông Á tỉnh vào tháng 11 năm 1942, địa vị đứng đầu của Hải quân Đế quốc Nhật Bản một lần nữa lại được công nhận qua việc bổ nhiệm một đô đốc làm trưởng quan. Hơn nữa, 6 vùng hành chính được giảm xuống còn 3 vào tháng 11 năm 1943: Mariana, Truk và Palau.